1.认证申请
1.1 申请人向中国绿色食品发展中心（以下简称中心）及其所在省（自治区、直辖市）绿色食品办公室、绿色食品发展中心（以下简称省绿办）领取《绿色食品标志使用申请书》、《企业及生产情况调查表》及有关资料，或从中心网站下载。
1.2 申请人填写并向所在省绿办递交《绿色食品标志使用申请书》、《企业及生产情况调查表》及以下材料：
（1）保证执行绿色食品标准和规范的声明
（2）生产操作规程（种植规程、养殖规程、加工规程）
（3）公司对“基地+农户”的质量控制体系（包括合同、基地图、基地和农户清单、管理制度）
（4）产品执行标准
（5）产品注册商标文本（复印件）
（6）企业营业执照（复印件）
（7）企业质量管理手册
（8）要求提供的其他材料（通过体系认证的，附证书复印件）
2.受理文审
2.1 省绿办收到上述申请材料后，进行登记、编号，5个工作日内完成对申请认证材料的审查工作，并向申请人发出《文审意见通知单》，同时抄送中心认证处。
2.2 申请认证材料不齐全的，要求申请人收到《文审意见通知单》后10个工作日提交补充材料。
2.3申请认证材料不合格的，通知申请人本生长周期不再受理其申请。
2.4 申请认证材料合格的，执行第3条。
3.现场检查
现场检查主要为产品抽样
3.1省绿办应在《文审意见通知单》中明确现场检查计划，并在计划得到申请人确认后委派2名或2名以上检查员进行现场检查。
3.2检查员根据《绿色食品 检查员工作手册》(试行)和《绿色食品 产地环境质量现状调查技术规范》(试行)中规定的有关项目进行逐项检查。每位检查员单独填写现场检查表和检查意见。现场检查和环境质量现状调查工作在5个工作日内完成，完成后5个工作日内向省绿办递交现场检查评估报告和环境质量现状调查报告及有关调查资料。
3.3现场检查合格，可以安排产品抽样。凡申请人提供了近一年内绿色食品定点产品监测机构出具的产品质量检测报告，并经检查员确认，符合绿色食品产品检测项目和质量要求的，免产品抽样检测。
3.4 现场检查合格，需要抽样检测的产品安排产品抽样：
3.4.1当时可以抽到适抽产品的，检查员依据《绿色食品产品抽样技术规范》进行产品抽样，并填写《绿色食品产品抽样单》，同时将抽样单抄送中心认证处。特殊产品（如动物性产品等）另行规定。
3.4.2当时无适抽产品的，检查员与申请人当场确定抽样计划，同时将抽样计划抄送中心认证处。
3.4.3申请人将样品、产品执行标准、《绿色食品产品抽样单》和检测费寄送绿色食品定点产品监测机构。
3.5 现场检查不合格，不安排产品抽样。
4.环境监测
4.1绿色食品产地环境质量现状调查由检查员在现场检查时同步完成。
4.2经调查确认，产地环境质量符合《绿色食品 产地环境质量现状调查技术规范》规定的免测条件，免做环境监测。
4.3 根据《绿色食品 产地环境质量现状调查技术规范》的有关规定，经调查确认，必要进行环境监测的，省绿办自收到调查报告2个工作日内以书面形式通知绿色食品定点环境监测机构进行环境监测，同时将通知单抄送中心认证处。
4.4定点环境监测机构收到通知单后，40个工作日内出具环境监测报告，连同填写的《绿色食品环境监测情况表》，直接报送中心认证处，同时抄送省绿办。
5. 产品检测
绿色食品定点产品监测机构自收到样品、产品执行标准、《绿色食品产品抽样单》、检测费后，20个工作日内完成检测工作，出具产品检测报告，连同填写的《绿色食品产品检测情况表》，报送中心认证处，同时抄送省绿办。
6.认证审核
6.1省绿办收到检查员现场检查评估报告和环境质量现状调查报告后，3个工作日内签署审查意见，并将认证申请材料、检查员现场检查评估报告、环境质量现状调查报告及《省绿办绿色食品认证情况表》等材料报送中心认证处。
6.2中心认证处收到省绿办报送材料、环境监测报告、产品检测报告及申请人直接寄送的《申请绿色食品认证基本情况调查表》后，进行登记、编号，在确认收到最后一份材料后2个工作日内下发受理通知书，书面通知申请人，并抄送省绿办。
6.3 中心认证处组织审查人员及有关专家对上述材料进行审核，20个工作日内做出审核结论。
6.4 审核结论为“有疑问，需现场检查”的，中心认证处在2个工作日内完成现场检查计划，书面通知申请人，并抄送省绿办。得到申请人确认后，5个工作日内派检查员再次进行现场检查。
6.5审核结论为“材料不完整或需要补充说明”的，中心认证处向申请人发送《绿色食品认证审核通知单》，同时抄送省绿办。申请人需在20个工作日内将补充材料报送中心认证处，并抄送省绿办。 6.6审核结论为“合格”或“不合格”的，中心认证处将认证材料、认证审核意见报送绿色食品评审委员会。
7.认证评审
7.1 绿色食品评审委员会自收到认证材料、认证处审核意见后10个工作日内进行全面评审，并做出认证终审结论。
7.2 认证终审结论分为两种情况：
（1）认证合格
（2）认证不合格
7.3 结论为“认证合格”，执行第 8条。
7.4 结论为“认证不合格”，评审委员会秘书处在做出终审结论
2个工作日内，将《认证结论通知单》发送申请人，并抄送省绿办。本生产周期不再受理其申请。
8.颁证
8.1 中心在5个工作日内将办证的有关文件寄送“认证合格”申请人，并抄送省绿办。申请人在60个工作日内与中心签定《绿色食品标志商标使用许可合同》。
8.2 中心主任签发证书。